Так ищи в Сети. Всяких вокруг-Акробатных софтин видимо-невидимо.
Возможно, такую функциональность имеет Acrobat Capture.
Эта штука предназначена для сканирования документов сканером и заворачивания полученных картинок в PDF.
Если на сканере ADF имеется - вообще песня.
Только машинку надо покрепче и побыстрее, не за $100.
Можно так поступить: настроить PDF Writer (псевдопринтер, сливающий в PDF файл, из комплекта Акробата) соотв. образом (А4, компрессия и т.п.), и эти tiffы на нём распечатать, применяя просто drag and drop или batch режим в Фотошопе.
Затем с помощию Акробата или к-л утилиты из Сети собрать одностраничные PDFы в документы (книжки).
Всё.
В целом, хранение отсканированых картинок в PDF имеет только одно преимущество - стандартный многостраничный формат, удобный для читания и распечатки.
По размеру и т.д. никакого выигрыша не будет.
Кстати, рекомендую тщательно настраивать сканирование, так как грязь сильно-сильно ухудшает сжимаемость изображения.